Používám především Synaptic, už od doby, kdy jsem byl podobným způsobem nasměrován v openSuse (Smart, popř. YAST).
No a nebo konzoli, když se mi chce...
Použitelné jsou i QApt či GDebi, ale to se týká samostatně stažených *.deb souborů (což se obecně nedá doporučit).