myslím že chceš spíše soubory uživatele 5001 nastavit tak aby je mohl číst webserver (www-data). proto u souborů nastav práva 644, adresářů 755.
Jinak děláš chybu u používání ISPConfigu3, protože ten si tohle všechno řeší sám tak, že každý klient má svou skupinu (group clientxy) jednotlivé weby ( uživatel webxy), a www server je vždy členem skupiny clienta. takže přístup apache se řídí právem skupiny na příslušném souboru nebo adresáři (to platí pro mod-php), pokud na ISPC používáš fastcgi, tak je jednotlivý web spouštěn separátně pod uživatelem kterému dotyčný web patří. Fstcgi je bezpečnějčí ale zase mnohem náročnější na výkon CPU a RAM při více www.
Jinak se opravdu nevyplatí zasahovat do struktury ISPC, pokud opravdu nevíš co děláš. ISPC je nastavené aby nefungovalo nic, pokud to není přímo povolené, takže každý adresář nebo alias se musí ručně nastavit, jinak nebude fungovat.