Jakou verzi Ubuntu máš? Co jsem se díval tak Ubuntu 12.04 má nejnovější 3.5.3. Prostě jestli tě to nabádá k aktualizaci, tak pravděpodobně máš starší ubuntu, kde je v repu i starší Filezilla. Tudíž, buď to ingnoruj (a spolehej na aktualizace v repozitářích- jestli je Ubuntu do repa přidají-myslím novou verzi Filezilly)
nebo
Aktualizuj sám ze stránek filezilly.
nebo
Aktualizuj Ubuntu na 12.04 (kde je nejnovější verze Filezilly)
PS: Snad jsem dobře pochopil otázku. Stěžejní bude verze Ubuntu, kterou máš.