V prvom rade je potrebné mať /home na inej partícii.
Ja to zvyknem robiť zálohou nainštalovaných programov a čistou inštaláciou samotného systému. Keď niečo nevyjde, tak dám inštalačné CD a doinštalujem na čistý systém programy, ktoré som tam mal.
Záloha inštalovaných programov:
dpkg --get-selections | grep install | awk '{ print $1 }' > zoznam-subor
Obnovenie:
sudo aptitude install `cat zoznam-subor`)