tak nakonec jsem na to přišel -
je nutné přidat do php.ini v adresáři /eclipse/plugins/org.zend.php.debug.debugger.linux.x86_5.2.12.v20071210/resources/php5 tyto řádky:
zend_extension=./ZendDebugger.so
extension_dir="/usr/lib/php5/20060613+lfs/"
extension=mysql.so
extension=mysqli.so
přičemž ten první z nich už tam nejspíš bude, v nastavení Eclipse PDT konkrétně v PHP Executables je pak nutné zajistit aby se používal php a php.ini z výše zmiňovaného adresáře
PS: samozřejmě, že cesta v extension_dir se může měnit podle verze nainstalované na vašem počítači, stačí když si najdete kde v systému se vám válí knihovny mysql.so a mysqli.so