Bohužel, tohle je věc, která v Linuxu nefunguje, snad jen částečně... taky mám iPhone a když chci do něj dostat muziku, musím s fleškou ke kámošovi, co má MacBooka. Dříve, v dualbootu Win7 + Ubuntu, jsem používal čistý iTunes pro Windows. Nyní už mám pár let jen Linux. Apple prostě iiTunes pro Linux nevydá a je nutno se s tím smířit.
Dřívější verze iPodu a iPhone (do verze 4 - 4S už ne!) fungovaly docela fajn s aplikací gtkpod, ale teď už ne...