Jo můžeš si ho nechat oddíl kde máš nyní data, s tím že to bude pouze ukazovat jako disk, ale pracovat můžeš s daty v pohodě.
EDIT: ten třetí dobrovolný oddíl /home, je to samé co máš nyní ve win, tedy systém a data oddělené, s tím že v linuxu tento oddíl nevidíš jako část disku, je to jako složka dokumentu ve windows, kam se mimojiné ukládají i nastavení systému a veškerých programů, takže není poté problém si reistalnout systém, aniž by jsi stratil nastavení, pokud sám nechceš. To je dobré udělat, pokud si jsi už jistý, že budeš v linuxu pracovat dlouhodobě.