Určitě prvně zkus zkompilovat php sám. Ale nejsem si jist, jestli to bude možné (kvůli závislostem), abys pak nemusel kompilovat desítky knihoven
Co se týče repository, tak ty aktivuješ takhle:
sudo su
sed -i -e 's/cz.archive.ubuntu.com\|security.ubuntu.com/old-releases.ubuntu.com/g' /etc/apt/sources.list
apt-get update
EDIT: než spustíš ten sed, tak si raději původní sources.list zálohuj. Netuším, jak to totiž vypadá v Ubuntu 6.06, když tak sem klidně ten soubor hoď a script zkontroluji/upravím přímo na něj.
Upgrade systému se pak provede pomocí
do-release-upgrade
Co se týče doby nedostupnosti, tak to závisí především na výkonu stroje samotného, ale s hodinou je potřeba počítat nejméně (+ se může stát, že se server už nezapne a bude potřeba reinstalace). Čili tohle bych viděl jako krajní možnost a prvně zkus tu kompilaci php.