Děkuji všem za odpovědi, v adresáři /var/www/baroko je Joomla, v archivu chybí adresáře administrator, components a některé soubory, pokaždé je to ale trochu jinak - někdy chybí ještě další adresáře a soubory; řádky do crontab zadávám jako root (je to pronajatý virtuální server ubuntu 10.04, ale měli tam uživatele root, tak jsem to tak nechal (sudo nepoužívám); skript adresář /var/www/baroko nejprve zkopíruje do adresáře /home/zaloha/zaloha_www a ta kopie je vždy kompletní, ale selhává vytvoření archivu (zkoušel jsem i gzip -to dopadalo stejně).
Pokud ten zalohovaci skript spustím jako root přímo z konzole, tak je vše OK. Děkuji všem za typy.