1. Disk na kterém nebude mít žádná partition příznak active&boot bootovat nikdy nebude, ani se v bootovací nabídce neobjeví. Takže toto opatření (diskpart > inactive) je dostatečné. S MBR tím pádem nemusíš dělat nic.
2. A ano, MBR jde sice odstranit, ale jelikož obsahuje partition table, veškerá data "zmizí". Ale na disku budou samozř. dál, opět je "zviditelníš" obnovou MBR.
------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Z toho je zřejmé, že to co potřebuješ je pouze odstranit z MBR boot flag > viz bod 1. Boot flag lze odstranit i v linuxu, např. pomocí GParted (nastavit příznaky).