Pokud máš nainstalované dva správce souborů, je potřeba nejenom nastavit jeden z nich jako výchozí, ale taky nastavit který z nich se bude "starat" o Plochu. Protože Plocha není nic jiného než složka.
Tvoje momentální potíže tedy pramení z toho, že máš sice Nautilus nastavený jako výchozí, ale o Plochu se ti nadále stará Nemo. Tato dvě nastavení (default file manager a default desktop handler) se nastavují zvlášť. V Ubuntu jsou na to tyto příkazy (do Terminálu). Přepnutí default file manager na Nautilus:
xdg-mime default nautilus.desktop inode/directory application/x-gnome-saved-search
Vypnout Nemo jako vých. správce Plochy:
gsettings set org.nemo.desktop show-desktop-icons false
Zapnout Nautilus jako vých. správce plochy::
gsettings set org.gnome.desktop.background show-desktop-icons true
To samé lze udělat v d-conf editoru. Je možné, že v Mintu se příkazy liší. Takže buď si to najdeš v nastavení (už víš co máš hledat), nebo nejjednodušší cestou je Nemo odinstalovat.
P.S: Správce souborů je podle mě jedna z nejdůležitějších aplikací v každém PC. Ale možná tomu nerozumím...