Na podobné věci používám Zotero - plugin do Firefoxu. Je to něco na způsob manažera literárních zdrojů (podporuje citování, různé kategorie - články, knihy apod.), ale na drobnosti, jak co udělat, se mi taky osvědčil. Jde psát poznámky, ukládat webové stránky, přikládat soubory, kategorizovat, vyhledávat... o dost lepší systém než porůznu roztroušené soubory na disku.
Jinak bych tenhle typ softwaru hledal pod "reference manager", "citation manager" nebo tak nějak.