./nazev_skriptu.sh
Pokud se to má spouštět i na kliknutí, musíš ve vlastnostech souboru povolit spouštění jako program. Jsem zvědav, jestli to bylo to jediné, co ti uniklo
Aha, pak ještě zbývá nastavení Nautila, aby skripty spouštěl. Je to v nastavení Chování. Doporučil bych volbu "Vždy se ptát" a místo přímého spouštění skriptů používat spouštěče pro jejich okamžité spuštění.