Nikdy jsem balíčky nevytvářel, nevím, jestli se dají definovat nějaké postinstační skripty, ve kterých se řekne:
při odinstalaci udělej rm -rf /etc/cron.d/blabla
.
Ve výsledku je asi jedno, jestli se to odstraní příkazem jako soubor se složky, nebo jestli se vykoná jiný příkaz, který proleze soubor a část v něm smázne.
Předpokládám, že při vytváření deb balíčků se musí nějaké postinstalační skripty psát a že by měli být asi standardní součástí těch instalačních balíčků...