Soubory nutné pro boot jsou na sda5, ale z nějakého důvodu GRUB2 označil jako bootovací sda1.
Když jsem v gparted dal "boot" flag na sda5, a sda1 přeformátoval (kdyby tam náhodou byly nějaké soubory), tak ubuntu nabootovalo stejně.
Což je důkaz, že na sda1 opravdu nic nebylo, a sda5 je opravdu bootovací.
sudo fdisk -l
...
Device Boot Start End Blocks Id System
/dev/sda1 2048 1132543 565248 b W95 FAT32
/dev/sda2 1132544 1327103 97280 83 Linux
/dev/sda3 1327104 2871295 772096 83 Linux
/dev/sda4 2873342 16775167 6950913 5 Extended
/dev/sda5 * 2873344 4259839 693248 83 Linux
/dev/sda6 4261888 16775167 6256640 83 Linux