Mě v podobných případech pomáhá následující sekvence příkazů, tedy pokud používáš klasické Ubuntu s Unity:
sudo apt-get install dconf-tools
dconf reset -f /org/compiz/
setsid unity
unity --replace
Vrátí ti to nastavení unity do výchozího stavu. Možná ani není třeba provádět celou sekvenci, ale jen poslední řádek. To však nemám odzkoušené protože to používám zřídka.