Provizorně se mi to podařilo vyřešit spouštěním scriptu v aplikacích po spuštění:
#!/bin/bash
setxkbmap cz
Ale někde je chyba ještě jiná, protože při přepnutí layoutu klávesnice, tímto příkazem, se nezmění indikace klávesnice v tray. Další problém mám s tím, že mi v klávesnici zhasne kontrolka numlock při přepnutí layoutu, přesto že je numlock stále zapnutý.
Prostě v 13.10 je více problémů s klávesnicí.