Teď jsem řešil podobný problém. A dá se vyřešit dvěma způsoby:
1) do adresáře MMC (MIKSOFT/MobileMediaConverter/lib/ffmpeg) nakopírovat systémový ffmpeg z (/usr/bin/ffmpeg).
2) V nastavení MMC zapnout experimentální volbu - používat systémový ffmpeg.
Pak vše funguje bezproblému...