Nakonec jsem nainstaloval přímo Ubuntu 14.04 (v tom to prý bylo testováno) a v něm Torch (+ matio-ffi a loadcaffe), Octave, CUDA a cudnn.
Dle návodu uvedeného
ZDE, jsem spustil "sh models/download_models.sh" a stáhlo se to, ovšem zasekl jsem se u následujícího kroku:
Compile cuda_utils.cu (Adjust PREFIX and NVCC_PREFIX in makefile for your machine):
make clean && make
Vůbec nevím, jak postupovat, prosím tedy o radu.