Tak už jsem na to přišel (i když to není přesně to co jsem si představoval...). Stačí spustit (například Pidgin) příkazem:
pidgin -m -c cesta/k/nastaveni
který zajistí, že se spustí další pidgin (parametr -m, multiple) a použije se konfigurace ve složce "cesta/k/nastaveni". Tím můžeme nezávisle definovat nekonečné množství konfigurací, já mám například dvě:
pidgin -m -c /home/uzivatel/.purple/
pidgin -m -c /home/uzivatel/.purple2/
\\edit
Trochu jsem musel upravit ten kód a místo ~ napsat plnou cestu k domovskému adresáři... V terminálu to funguje i s tím ~, ale pokud si chcete vytvořit spouštěč třeba v menu aplikací, musíte napsat plnou cestu...