Aha. Tady nejde vůbec o systém. V systému jsou prostě nějaké soubory/složky, které mají název začínající tečkou a je dáno standardem/úmluvou, že takové soubory a složky se považují za skryté a nejsou tedy v defaultním stavu zobrazovány. To kdy, jak a jestli se zobrazí závisí na konkrétním prohlížeči/správci souborů.
Záleží tedy na FTP klientovi a jeho možnostech nastavení.