Konečně jsem pohl s problémem
https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/avidemux/+bug/1309966 - avidemux ignoruje posun v soboru i střih a vždycky zvuk hraje od začátku v souboru m2t - nahrávky dvb-t z Kaffeine.
U 13.10 tenhle problém není, objevil se až u 14.04, přičemž v obou je stejná verze 2.5.4, ale chyba lávky, při spuštění v terminálu jsem si všiml, že úplně stejné nejsou: Compiler: GCC 4.8.2 vs. Compiler GCC 4.7.1 20120908 (prerelease) a User interface: GTK+(2.24.23) vs. User interface GTK+(2.24.20).
No nešlo nevyzkoušet to nejjednodušší - nahradit /usr/bin/avidemux2_gtk v 14.04 za 13.10 a opravdu teď jde soubory konečně editovat i se zvukem.
Předpokládám, že někdo najde něco elegantnějšího jako instalovat avidemux z repozitářů z 13.10.