Protože exec() spouští příkaz v systémovém kontextu... nezájímá jí co obsah vrací (snad kromě return code).
"whoami" pošle svůj výstup na stdout, v tomto případě do mailu, protože tak máš cron nakonfigurovaný (že stdout=mail).
test.php
<?php
exec('whoami > /dev/null');
?>
výstup zahodí.