Tak jsem na to přišel - instalace opravdu prošla pomocí
http://forum.ubuntu.cz/index.php?topic=42162.0 a následně stačí zadat v terminálu příkaz:
vlna -l -m -n *.tex
místo * stačí zadat název dokumentu, nebo cestu k němu a zahlásí to počet změn:
This is program vlna, version 1.5, (c) 1995, 2002, 2009, 2010 Petr Olsak
~~~ file: /home/martin/Dokumenty/latex/strukturadokumentu.tex lines: 101, changes: 30
Já jsem prostě nechápal parametry -l, -m atd., které jsou popsané v návodu k programu vlně. Určitě by to šlo nějak zakomponovat do Texmakeru, ale na to asi nepřijdu a hlavně takto to bohatě stačí...