Tak je oba před použitím přeformátuj nejlépe na ext4 (z mého pohledu). Nebo (paradoxně a pokud nejsou jako pracovní linuxové) tak ntfs, s tím jsem nikdy neměl problém.
To přeformátování třeba pomocí live spuštěného Ubuntu a tam Gparted, nebo prostě Gparted jakkoliv jinak.