Sice vyřešeno, ale přesto doplním pro případné zájemce:
Není důležité jméno uživatele, ale UID, tj. jeho číselné označení. Pokud mám např. 3 oddíly, na jednom mám třeba Ubuntu 12.04 s uživatelem Petr, na druhém /Home/Petr a na třetí si doinstaluji Kubuntu 14.04 s uživatelem Honza a jako Home použiji také ten druhý oddíl, dostanu se z obou do STEJNÉHO adresáře, tj. vlastně do /Home/Petr, přestože v Kubuntu se bude jmenovat /Home/Honza. Problém je v tom, že první uživatel, vytvořený v obou instalacích má vždy UID 1000. Takže dojde přesně k tomu, co nechcete - přepisování konfiguračních souborů podle toho, z kterého systému se přihlásíte. Jiná situace bude, pokud nainstalujete místo Kubuntu Debian - ten vytvoří prvního uživatele s UID 500, takže v /Home budou skutečně oddělené adresáře pro Petr i Honza, ale viditelný bude vždy jen jeden, druhý je označen pouze UID, protože systém druhého uživatele nezná (pokud nevytvoříte nového s příslušným UID).
Spolehlivějším řešením je ponechat /Home v obou instalacích a na původním 2. oddílu vytvořit např. /Data, do něj přesunout všechny adresáře, které chci mít společné (třeba Dokumenty, Filmy, Obrázky....) a v domovských /Home tyto adresáře nahradit symbolickými linky, odkazujícími na adresáře v /Data. Pokud pak mají oba systémy stejně číslované UID, není ani třeba řešit oprávnění, mají oba přístup ke stejným datům, ale konfiguráky si ukládají každý do svého Home.