Nevím, jestli to už někdo vyřešil, ale já na to
šel takto:
sudo ln -s /usr/bin/opera /usr/bin/opera-browser
gconftool-2 --type string --set /desktop/gnome/applications/browser/exec /usr/bin/opera-browser
Problém je v neshodě jmen spustitelného souboru Opery a spouštěče pro desktop. První příkaz udělá symlink se stejným jménem, jako má spouštěč a druhý pak zapíše cestu k tomuto symlinku do preferovaných aplikací.
Návod pro Ubuntu 11.04