Mechanismus toho co se v čem otevírá se řídí údaji v souborech *.desktop nainstalovaných aplikací.
Běž do
/usr/share/applications
respektive
~/.local/share/applications
Najdi soubor *.desktop kterými se spouští Imagemagick. Otevři ho v textovém editoru, z mimetypů odeber ten na který si nepřeješ aby aplikace reagovala (ještě můžeš odebrat z příkazu EXEC= "%U" nebo "%F") a soubory ulož.
Nakonec updatni desktop + mimecache database
sudo update-desktop-database /usr/share/applications
sudo update-mime-database /usr/share/mime
respektive
update-desktop-database ~/.local/share/applications
update-mime-database ~/.local/share/mime
Pak už se nebude tato aplikace zobrazovat ani v nabídkách (u odstraněného mimetypu) pro výběr "Otevřít pomocí.."
-----------------------------------------------------------------------------
Jen pro upřesnění, soubory *.desktop se standardně (Nautilus) zobrazují pod jinými názvy a bez koncovky:
zobrazovaný název - ImageMagick (display)
skutečný název - display.im6.desktop
-----------------------------------------------------------------------------
Mimetyp pro soubory *.pdf je
application/pdfA jak můžeš vidět v přílohách, já tam ani u shutteru, ani u imagemagicku tento mimetyp nemám. Proto se mi soubory .pdf otevírají normálně = v Evince
Možná je u tebe příčina ta, že se mezi sebou "perou" soubory *.desktop v /usr/share/applications a ~/.local/share/applications
To značí, že máš možná tyto soubory v systému 2x, jednou na systémové a jednou na uživatelské úrovni. Prověř to a příp. duplicitu odstraň.
P.S: Asociace se nejpohodlněji nastavují pomocí ubuntu-tweak
https://launchpad.net/~trebelnik-stefina/+archive/ubuntu/ubuntu-tweak/+files/ubuntu-tweak_0.8.8-5~xenial_all.deb