Mencoder by určitě fungovat měl - pokud to video přehraje mplayer.
třeba mencoder -ovc xvid -oac mp3lame -o vystup.avi vstup.ogg (pokud je videostopa ve formátu theora).
pokud je video toho ogg souboru MP4, divx, xvid, h/x264, stačí mencoder -ovc copy -oac mp3lame -o vystup.avi vstup.ogg
Můžeš to zkusit ještě ve VLC - umí při přehrávání zároveň ukládat a konvertovat do jiného formátu.