Díky za pomoc, je to vyřešeno, nenapadlo mě, že problém je způsobený zálohováním pomocí Luckybackup.
V systému je adresář 'media', kde se objevují připojené USB disky a tentokrát Luckybackup, kdovíproč, nekopíroval do USB, ale vytvořil adresář s jeho názvem v adresáři 'media' a kopíroval přímo na HDD. Tím úplně zaplnil disk. Když jsem kopírované soubory vymazal, je všechno v pořádku.