Už jsem si to vyzkoušel - udělá na flashce oddíl s přímou sektorovou kopií iso a zbytek flasky je nějaký zbytkový oddíl, který je nepřístupný. Takže, jak píšeš - flashku degraduje na pitomé CD a dál se s ní nedá pracovat.
V tomto směru je lepší Unetbootin, který podobně jako Rufus rozbalí soubory na flashku a opatří ji syslinuxem. Bohužel ne vždy to udělá úplně dobře - tedy funkčně - člověk to musí opravit ručně, a tam kde to funguje, tam to dělá poněkud kostrbatěji, než Rufus, a na rozdíl od něj neumí nic jiného. Rufus má jedinou chybu - není možné si tam svobodně vybrat formát souborového systému na cílové flashce - je vynucený, dle předchozí volby a v některých případech to nesedí pro účely univerzálních MBR/EFI bootflash. Obrovská výhoda je, že z flashky vytvořené Rufusem se dá s trochou snahy dodělat multiboot flash a tedy kousek práce ušetří.
Linuxové aplikace pro tvorbu boot usb disků pozkouším a porecenzuji v připravovaném článečku, který pak dám do tipů.