Jako vetsi problem, nez fragmentace, ktera je u $HOME nebo u externiho disku uplne putna, bych videl, ze u NTFS, ktery se pouziva na Linux i ve Win7 proste cas od casu jen tak zmizi nejaka slozka (vlastni zkusenost, neda se zreprodukovat).
Na externim disku bych uvazoval o UDF (ve Windows ma plnou podporu od verze Vista), vlastne o tom uvazuju uz ted, na ext.disku pouzivam ext4.