Ten Grub Customizer nedělá nic jiného, než že edituje soubor /etc/default/grub
Takže se mrkni do toho souboru, zda je tam vše zapsáno správně (= jsou tam tebou požadované hodnoty/položky).
Cca před půl rokem jsem se setkal (po aktualizaci grubu2) s tím, že nešel nastavit jiný timeout než defaultních 30s. Respektive šel, ale nijak se to neprojevilo. Vyřešil jsem to návratem k předchozí verzi, pak to bylo OK. Po nějaké době jsem zkusil grub aktualizovat a už to bylo v pořádku, dál jsem to tím pádem neřešil.
Ale nemám UEFI. Takže ti doporučuji vrátit se na předchozí verzi grub2 (a zamknout ji). Podívej se do logu, kdy se aktualizoval (jsou to celkem 4 balíky).