Vše zakázat a povolovat jen to co nezbytně potřebuješ pro svoje stránky.
Co jsem minulý týden instalovat apache2 z repozitářů, tak na tom není až tak špatně. Jenom bych zakázal jakékoliv spouštění CGI/CLI.
Nový konfig ani nepovoluje výpis adresáře pokud chybí index, to je změna oproti starším verzím.