To je divný, není porušený filesystém? Jenom střílím od boku.
Nabootujte do LiveCD. Na ploše jsou připojené svazky. Ten váš, který je normálně /, odpojte.
Otevřete terminál a napište příkaz:
sudo fsck /dev/hda1
POZOR! To hda1 si musíte nastavit! hda1 znamená 1. oddíl 1. disku. hda2 je 2. oddíl ap. SATA disk je sda. Pokud je ten disk 2., je to hdb, respektive sdb. Snad jste mi rozumněl

Hlavně kontrolujte pouze odpojený svazek, jinak se to může podělat!