Mohl by to být problém s právy. Pokud se Tvůj účet jmenuje např. venca, zkus spustit po příp. úpravě tento příkaz. find /home/venca/.mozilla-thunderbird/* \! -user venca.
Najde soubory, jejichž vlastníkem není "venca", a tímpádem ho může bez problémů přepisovat jen root, což by odpovídalo Tvému popisu.