Já používám normálně rsync: připojím oddíl, kde chci mít zálohu, a synchronizuju aktuální systém se zálohou. Výhodou je, že se kopírují jen změněné soubory (+ za chodu), ne celý systém. Nevýhodou je, že se musí ručně upravit menu.lst v /boot/grub a fstab v zálohovaném systému. Několikrát jsem už do něj bootoval a vždy fungoval identicky s původním, nemám to ale nějak rozsáhle testované.
Další možnost je zkopírovat celý oddíl pomocí gParted - prostě označit oddíl, Kopírovat, Vložit. Prosté. Nevýhodou je, že to kopíruje celý oddíl, který musí být navíc odpojený. Taky to zkopíruje UUID a příp. LABEL toho původního, což může dělat (dělá) problém, ale ne neřešitelný.
Příklad rsyncu:# oddíl se zálohou je připojen k /media/zaloha
# je v něm potřeba ručně vytvořit vynechané adresáře
# v tomto případě /media, /mnt, /proc, /sys a /tmp.
z=/
do=/media/zaloha/
rsync \
--verbose \
--recursive \
--links \
--hard-links \
--perms \
--owner \
--group \
--devices \
--specials \
--times \
--xattrs \
--acls \
--human-readable \
--delete \
--exclude=/home/*/.gvfs \
--exclude=/home/*/.mozilla/firefox/*/Cache \
--exclude=/home/*/.thumbnails \
--exclude=/media \
--exclude=/mnt \
--exclude=/proc \
--exclude=/sys \
--exclude=/tmp \
--exclude=/home/*/.local/share/Trash \
--exclude=/home/*/Videa \
--exclude=/home/*/.opera/cache4 \
--exclude=/etc/fstab \
$z $do