To je podle toho, jak disk připojujete. Na systému souborů nezáleží, důležitá jsou práva nastavená přípojnému bodu --> když si nastavíte přípojný bod v /etc/fstab například na /media/muj_krasny_disk a složce muj_krasny_disk dáte oprávnění pro zápis i čtení a příslušného vlastníka, bude vám čtení i zápis fungovat stejně dobře i na tom disku.