Zkus do spouštěče zadat absolutní adresu:
igotu2gpx dump > ~/Plocha/vylet.gpx
V terminálu ti to funguje nejspíš proto, že po jeho spuštění je aktuální adreář tvůj home, takže funguje relativní adresa Plocha/vylet.gpx. Pokud ale vytvoříš spouštěč, tak je aktuální adresář nejspíše ten, ve kterém je spouštěč.
Druhá možnost, je nastavit pracovní adresář ve spouštěči na ~ (= /home/tvuj_uzivatel/).