Kontrola FS se provádí příkazem fsck. Parametrem je blokové zařízení. Kontrolovat lze jen FS, které zrovna nejsou připojeny. (Odpojí se pomocí umount). V případě nouze lze kontrolovat FS připojené s atributem read-only mount -o remount -r -n /, což pomůže např. při kontrole kořenového (root) FS, pokud nelze nastartovat OS z jiného zdroje. Pokud se vyskytly chyby, je v případě kořenového FS vhodné restartovat po opravě počítač.
Program fsck vypíše hlášení, že FS je clean, ale kontrolu neprovede (FS byl správně odpojen a je tedy konzistentní). Skutečnou kontrolu fsck provede, jen pokud počet připojení/odpojení FS od poslední kontroly překročil určitou mez, nebo uběhla stanovená maximální doba od poslední kontroly, nebo si kontrolu explicitně vyžádá přepínač -f.
Fsck se spouští automaticky, pokud počet připojení/odpojení FS od poslední kontroly překročil určitou mez, nebo uběhla stanovená maximální doba od poslední kontroly.