Dík. To bylo první, co jsem vyzkoušel a když to nepomohlo, tak jsem celý adresář vrátil ze zálohy zpět.
Pak jsem zkusil reinstalaci commanderu, restart atd. a bez úspěchu.
Tak jsem to ze zoufalství zkusil smazat ještě jednou a tentokrát jsem uspěl.
Sice při spuštění z terminálu tam ta hláška zůstala, ale zatím to funguje a budu to řešit dál.