Myslím, že
řešení je jednoduché:
1. klepni pravým tlačítkem na první soubor, od kterého chceš vše označit
2. stiskni shift a drž
3. klepni pravým tl. na poslední soubor, do kterého chceš vše označit
4. pusť shift a máš vše označeno
Vše se označí žlutě a lze s tím už pracovat. Takto lze označit i všechny soubory
Jinak
různé soubory můžeš označovat/odznačovat tak, že zmáčkneš ctrl a pak klepneš na soubor, který si přeješ označit či odznačit.
Pro označení všech souborů stiskni
CTRL a + . Jinak je tam celé menu s názvem "Označit".

Doufám, že ti to pomohlo. Gnome-commander používám, je opravdu báječný.
Jinak výborný je i MC, ale to je ještě stará dobrá klasika podobná dosovskému Norton Commanderu z dávných dob, a to by "novému" členovi asi nevyhovovalo. Dodám, že jede v příkazové řádce. +)