Možná winy nevidí na Linuxovým disku volné místo proto, že linux (Ubuntu) používá Ext3, ale Winy NTSF, tzn Ext3 je pro ně nepodporované formátování a tudíž nevidí volné místo. Ale pokud máš v Linuxu 39 Gb volného místa, tak si stáhni liveCD a nabootuj např. přes flashku... to by už naběhnout mělo. A zkus ten disk s linuxama rozdělit pomocí GParted, aby si vytvořil aspoň 10Gb oddíl. Tam můžeš s NTFS hodit Winy (uvidíš, jestli půjdou), nebo jiné distro...
A pokud ti disk opravdu odmítá jakkoliv reagovat tak budeš muset opravdu celej formátovat, tak si zálohuj data.