Computer janitor je ten nejdebilnější kus softwaru, co jsem kdy viděl (no asi ne, ale v zákl. instalaci Ubuntu určitě) -- doporučuju nepoužívat -- jako "nepotřebné" bere veškeré balíky, které už nejsou dostupné v repozitářích, takže i například takové, které tam nikdy nebyly (ručně nainstalované balíky).
Naštěstí má implementovaný whitelist -- když jednou nějaký balík označíte, že ho nechcete odstraňovat, tak si to zapamatuje a už ho nebude chtít odstraňovat (ale stejně doporučuju nepoužívat).