Krok za krokem:
1) V liště (Panel GNOME) klikni na applet "Cryptkeeper" a z nabídky vyber "New encrypted folder".
2) Do pole "Name" zadej jméno šifrované složky. Třeba "tajne". V tom samém okně můžeš vybrat, kde se složka má vytvořit. Potvrdíš tlačítkem "Forward".

3) Vložíš heslo, které je třeba zadat pro přístup do složky. "Forward". "OK".
4) Složka "tajne" se ti zobrazí na ploše jako připojený disk a v domovské složce (pokud jsi nevybral jiné místo) se vytvoří složky "tajne" a ".tajne_encfs".
Když složku přes applet odpojíš, zmizí ikona z plochy i složka ~/tajne s nešifrovaným obsahem. To je všechno, teď už si musíš jen pamatovat heslo.

ja kdyz klepnu pravym tlacitkem na soubor/adresar, tak mi nautilus v menu nabidne i polozku "zasifrovat"
myslim, ze za tuhle featurku muze balicek seahorse-plugins
Zkusil jsem to a máš pravdu. Po restartu v menu přibyla možnost "Zašifrovat...".