5% místa na disku se rezervuje pro uživatele root, zároveň se ti na velkém disku vytvoří dle mě až zbytečně velký swap, který je nastaven snad dokonce na 10% místa, to by po zběžném přepočtu dávalo těch 40GB co chybí.
Zmenšil bych swap, jeho velikost nastavuji tak na 125% paměti RAM a to jen pokud používáš hibernaci (uspání na disk). Místo alokované pro uživatele root lze také editovat, ale moc to nedoporučuji je to ochrana systému před zaplněním disku