Ubuntu nebo kterákoli jiná Linuxová distribuce NENÍ Windows.
Proto zapomeň na to, jak se to dělá ve Windowsu.
Linux není náhražka Windowsu. Linux je alternativa. Dělá se to jinak, ale výsledek je stejný. Je to jako auto a motorka, panelák a rodinný dům.
Na nic nepotřebuješ Wine. Wine je POUZE nouzová možnost. Pokud chceš používat Linux, používej nativní programy. Používat na Linuxu programy pro Windows nemá význam.
Java na Linux je v Centru Softwaru jako OpenSDK. Doporučuji OpenSDK6 (třeba Minecraft ve verzi 7 neběží, nevím proč).
Připony *zip, *tar - Ubuntu má správce archivů. Připona *deb - instalační balíček Debianu (představ si Debianí/Ubuntí obdobu *EXE).
Linux má her hafo. Chybí AAA tituly, Valve pracuje na Steamu. Valve mimo jiné tvrdí, že jim hry běhají na Linuxu rychlejí, než na Windowsu. Je to otázka optimalizace. Většina vývojářů na Linux se*e a potom se může zdát, že všechny běhají pomalu. Ale spolupráce OpenGL s Linuxovým jádrem je dle Valve úžasná a pokud to vyjde, Linux půjde už příští rok začít používat i na hraní her.
Hraní her přes Wine je další nouzová možnost. Linux není stavěn na spouštění Windows her/programů. I kdyby se to sekalo, je fantastické, že to vůbec jde. Ani Windows hry/programy nejsou přizpůsobené pouštění v Linuxu.
Pokud ti lagují nativní hry, zkontroluj ovladače grafické karty, v Minecraftu verzi Javy.