Vo všeobecnosti: Synaptic (alebo Centrum Softwaru, alebo ako sa to teraz volá) by mal byť len grafickým rozhraním nad aptitude. Aptitude rieši závislosti automaticky, môžeš si ich napr pozrieť aptitude show menobalika. Tam vidíš závislosti, ale aj odporúčané a navrhované balíky, dá sa to nejakým switchom inštalovať tak, aby sa brali ako závislosti a automaticky inštalovali a odinštalovávali. Takže ak sa Ti v termináli nainštaluje všetko v poriadku, ale v Synapticu nie, skontroluj si, či si niečo nepošahal v nastaveniach, aj keď si neviem predstaviť, čo by to mohlo byť.
To že niektoré programy Ti nefungujú je smola, ale proste je to niekedy tak. Často existujú alternatívy, prípadne workaroundy. Spusti si program v termináli, prečítaj si jeho chyby, pogoogluj, možno nájdeš workaround, ktorým pomôžeš aj svojím kamarátom. 32/64 bitov by nemalo vadiť, drvivá väčšina balíkov sa v repách nachádza vo verziách pre obe (a mnohé ďalšie) architektúry.