Jestli ti jde jenom o příkaz, tak env WINEPREFIX="/home/pepa/.wine" wine C:\\Program\ Files\\Složka\\Soubor.exe
např.
Používáš alacarte, nebo něco jiného ?
edit : nebo [Desktop Entry]
Encoding=UTF-8
Type=Application
Name=Aplikace
Exec=env WINEPREFIX="/home/pepa/.wine" wine C:\\Program\ Files\\Složka\\Soubor.exe
Comment=Aplikace
StartupNotify=true
Icon=/home/ikona.ico
a uložíš jako aplikace.desktop
snad to pomůže.