zkuste:
sudo apt-get clean
sudo apt-get autoclean
sudo apt-get autoremove
jinak se Ubuntu udržuje čisté poměrně dobře samo ... dělal jsem již 3. upgrade a nemám pocit že by se rozrůstalo ... možná stojí zato si spustit Sledování využití disku a juknout jestli všechny velké soubory jsou třeba !